1. DPM (Dewan Perwakilan Mahasiswa) FMIPA Universitas Jember
Lembaga di lingkup kampus yang memiliki tugas menampung dan menyalurkan aspirasi mahasiswa.  DPM memiliki fungsi Legislatif, Pengawasan, Anggaran dan Pengawasan. DPM FMIPA Universitas Jember didirikan pada Oktober 1997. Visi DPM yaitu sebagai badan koordinasi antarorganisasi dan wadah aspirasi bagi mahasiswa FMIPA UNEJ. Misinya yaitu melaksanakan TRI DHARMA Perguruan Tinggi, memelihara dan mengembangkan ilmu dan teknologi yang dilandasi oleh norma agama, akademis, etika, moral dan wawasan kebangsaan serta menjaga hubungan baik antar organisasi mahasiswa di lingkungan FMIPA UNEJ ataupun menjaga hubungan baik antar organisasi mahasiswa dengan jajaran FMIPA Universitas Jember.

2. BEM (Badan Eksekutif Mahasiswa) FMIPA Universitas Jember
Badan eksekutif mahasiswa adalah lembaga kemahasiswaan tertinggi di tingkat fakultas yang menjalankan organisasi serupa pemerintahan (lembaga eksekutif). Dipimpin oleh ketua umum yang dipilih pada pemilu raya pada serangkaian kegiatan Forum Musyawarah Mahasiswa. BEM FMIPA mengayomi & bekerjasama dengan semua 5 UKM dan 4 HMJ yang ada didalam Fakultas MIPA Universitas Jember. Pemilihan kepengurusan khususnya Ketua dan Wakil Ketua Umum dilaksanakan dalam bentuk Pemilu Raya FMIPA.

3. HMJ (Himpunan Mahasiswa Jurusan) di FMIPA Universitas Jember
Terdapat 4 Himpunan Mahasiswa di lingkungan FMIPA UNEJ sesuai dengan jurusan yaitu Matematika, Fisika, Kimia dan Biologi. HMJ FMIPA memiliki nama: Matematika dengan HIMATIKA “Geokompstat“, Fisika dengan HIMAFI, Kimia dengan HIMAKI “Zirkonium” dan Biologi dengan HIMABIO “Bakteriophage”. HMJ dalam pelaksanaan kerja di lakukan oleh Pengurus Harian, Pengurus Bidang dan juga Pengurus SekBid.

4. UKMS TITIK (Unit Kegiatan Mahasiswa Seni TITIK)
unit kegiatan mahasiswa di Fakultas MIPA Universitas Jember yang bergerak dalam bidang kesenian. UKMS TITIK pertama kali dideklarasikan pada tanggal 10 Desember 2005 oleh angkatan Betorokolo yang merupakan angkatan pertama dalam UKMS TITIK. Adapun nama “TITIK” diambil dengan artian “Awal dari sebuah goresan”, yang mana nantinya diharapkan dari sebuah titik tersebut dapat mengawali goresan-goresan yang man akan menghasilkan sebuah karya, yang mana diharapkan pula karya-kaya tersebut dapat bermanfaat.

5. UKM IONS (Unit Kegiatan Mahasiswa Islamic Organization of Mathematics and Natural Science)
UKM kerohanian islam yang ada di Fakultas MIPA Universitas Jember. UKM ini dibentuk pada 20 Oktober 1997. UKM IONS berasaskan Islam dengan Al Qur’an dan As Sunnah sebagai pedoman dalam menjalankan keorganisasian. Visi UKM IONS ialah Membentuk muslim intelektual yang berakidah dan berkepribadian Islam serta ber-amar ma’ruf nahi munkar demi terciptanya khoiru ummah.

6. UKM PALAPA (Unit Kegiatan Mahasiswa Pencinta Alam Mahasiswa MIPA)
Unit Kegiatan Mahasiswa yang berada di lingkungan Fakultas MIPA Universitas Jember dan bergerak dibidang kepecintaalaman. Organisasi ini dideklarasikan pada tanggal 4 Juli 2001 di Kawah Ijen Bondowoso. UKM PALAPA FMIPA UNEJ memiliki 3 divisi yaitu: Gunung hutan, Konservasi dan Rockclimbing. Untuk lebih mengenal lebih banyak tentang UKM PALAPA FMIPA, saat ini telah dirintis Aplikasi Mobile untuk dengan nama “PALAPA”.

7. LPMM ALPHA (Lembaga Pers Mahasiswa MIPA ALPHA)
Pada tanggal 14 April 2006 di Fakultas MIPA lahirlah sebuah organisasi yang bergerak di bidang jurnalistik yang di beri nama ALPHA, yang memiliki kepanjangan Aliansi Pers Mahasiswa MIPA. LPMM ALPHA adalah sebuah organisasi yang berazaskan Pancasila dan UUD 1945, bergerak di bidang jurnalistik berdasarkan kode etik pers mahasiswa Indonesia. Tujuan didirikannya ALPHA adalah untuk menjadi sebuah Lembaga Pers Mahasiswa yang bertujuan meningkatkan dan menyalurkan kreativitas mahasiswa di bidang dunia jurnalistik. Pers yang didalamnya terdapat jurnalis, penerbit, pengelola media informasi dengan segala kegiatannya, reportase, penulisan, fotografi dan sebagainya hingga terbitnya sebuah media yang dikonsumsi oleh masyarakat kampus.

8.  UKM SPORA (Unit Kegiatan Mahasiswa Seni Paduan Suara dan Olah Raga)
Sebelum berdiri dengan nama UKM SPORA, UKM ini bernama UKM OP yaitu singkatan dari Unit Kegiatan Mahasiswa Olahraga dan Paduan Suara. UKM SPORA FMIPA UNEJ memiliki kepengurusan inti yaitu Ketua Umum, Sekretaris Umum, Bendahara Umum, Kepala Bidang Olahraga dengan beberapa divisi yaitu bulutangkis, sepak bola, bola voli dan bola basket, selanjutnya Kepala Bidang Paduan Suara, Kepala Bidang Pengembangan Organisasi, Kepala Bidang Logistik dan terakhir Kepala Bidang Informasi & Komunikasi. UKMS SPORA sering mengikuti lomba paduan suara tingkat universitas dan menjadi pengisi acara pada kegiatan lepas alumni FMIPA Universitas Jember.