Yudisium FMIPA adalah proses akademik yang menyangkut penerapan nilai dan kelulusan mahasiswa dari seluruh proses akademik. Yudisium juga berarti pengumuman nilai kepada mahasiswa sebagai proses penilaian akhir dari seluruh mata kuliah yang telah di ambil mahasiswa dan penetapan nilai dalam transkrip akademik. Tahun 2014 ini FMIPA melaksanakan Yudisium XL untuk Sarjana dan IX untuk Magister.
Yudisium ini memutuskan lulus atau tidaknya mahasiswa dalam menempuh studi selama jangka waktu tertentu,yang ditetapkan oleh pejabat berwenang yang dihasilkan dari keputusan rapat yudisium. Rapat yudisium diselenggarakan oleh Senat Fakultas. Dan periode ini mungkin yang terakhir kali diadakan yudisium, karena menurut hasil rapat PD III FMIPA dengan rektorat Universitas Jember periode kedepan tidak ada lagi penyelenggaraan yudisium di fakultas masing – masing.